Начало третьего сезона состоялось 5 сентября 2006 года. Окончание показа – 29 мая 2007 года. В начале сезона Хаус получает облегчение. Он проходит курс лечения кетамином и боль в ногах на время оставляет его. Хаус наживает себе врага в лице полицейского Майкла Триттера, заставив его измерить температуру в прямой кишке. Хаус не желает извиняться перед пациентом, и Майкл начинает расследование с целью выявить у Хауса наркотическую зависимость от викадина. В конце третьего сезона почти вся команда доктора Хауса собирается подать в отставку.
